秘籍输入需在游戏进行中通过键盘直接操作，无需暂停或切换界面。原版输入法通常需要按住Ctrl键并依次按下对应字母键，而重制版部分版本支持直接输入字符串。成功触发秘籍时，通常会伴随短促音效或屏幕闪烁提示，例如输入NOD可为NOD阵营增加10000资金，资源数值会立即刷新。秘籍仅在任务模式或遭遇战中生效，多人联机对战模式下无法使用。

资源操控类秘籍是游戏中最实用的功能之一，包括NOD或GDI为对应阵营增加资金，SWITCH可切换当前控制阵营（仅限遭遇战模式）。建筑与单位类秘籍如BIGBANG能瞬间摧毁地图上所有敌方单位，ONLY可解锁全部科技树，但需确保建造厂未被摧毁。地图与视野控制秘籍BLIND能永久消除战争迷雾，而XRAY可短暂显示敌方单位轮廓。部分秘籍可组合生效，例如先输入ONLY解锁科技，再使用NOD补充资金，可快速组建高级兵种军团，单位生产类秘籍可能引发程序冲突，建议间隔5秒以上执行。

隐藏关卡是重制版的重要彩蛋内容，需通过特定操作触发。恐龙关卡的开启方式是在游戏菜单界面按住Shift键不放，依次点击四个铆钉。巨蚁关卡的触发条件则与主菜单界面特定交互有关。这些隐藏关卡不仅提供独特剧情体验，还可能包含特殊奖励单位或资源。秘籍SPEED可将游戏速度提升至3倍，重复输入可复位，该功能在重复刷资源或快速完成建造时极为实用。

高阶操作中，暂停游戏后输入秘籍可避免操作中断，例如在抵御大规模进攻时暂停并激活ONLY可安全部署高级防御设施。重制版对部分秘籍进行了调整，如MCVHAUL（立即获得机动基地车）仅在原版生效，LEPTON（解锁离子炮）需完成至少一次GDI战役后方可激活。过量使用建造类秘籍可能导致内存溢出，建议优先规划核心属性与装备流派。